La Zona Logistica Semplificata è istituita con decreto del Presidente del Consiglio dei ministri, da adottare su proposta del Ministro per gli affari europei, il Sud, le politiche di coesione e il PNRR, di concerto con il Ministro delle infrastrutture e dei trasporti e il Ministro dell'economia e delle finanze, su proposta della regione interessata, per una durata che non può essere inferiore a sette anni, rinnovabile fino ad un massimo di ulteriori sette anni.

Il Presidente della regione, o i Presidenti delle regioni in caso di ZLS interregionale, trasmettono la proposta al Ministro per gli affari europei, il Sud, le politiche di coesione e il PNRR. La proposta è corredata di un Piano di Sviluppo Strategico contenente i criteri e gli obiettivi di sviluppo perseguiti, le forme di coordinamento, ove necessarie, con la pianificazione strategica portuale, e con la programmazione regionale, nonché indicazioni relative a:

• delimitazione della ZLS e identificazione delle aree coinvolte;
• elenco delle infrastrutture esistenti;
• analisi dell'impatto sociale ed economico;
• tipologie di attività, collegamenti infrastrutturali e semplificazioni amministrative ulteriori rispetto a quelle previste dalla legge;
• eventuali pareri, nulla osta o altri atti di assenso già rilasciati dagli enti locali;
• agevolazioni e incentivazioni regionali;
• consultazioni attuate per la stesura del Piano di sviluppo strategico;
• modalità con cui le strutture regionali e degli enti locali interessati assicurano le funzioni amministrative;
• aree escluse dalla ZLS per motivi di sicurezza e navigazione

Il Dipartimento per le politiche di coesione e per il Sud della Presidenza del Consiglio dei ministri gestisce l'istruttoria della proposta ZLS, verifica la completezza del Piano di Sviluppo Strategico ZLS e ottiene le valutazioni dai Ministeri dell'Economia e delle Finanze, per gli aspetti fiscali e doganali, e dei Trasporti, per le infrastrutture. Il Ministro per gli affari europei, il Sud, le politiche di coesione e il PNRR può richiedere modifiche al Piano di Sviluppo Strategico ZLS.

L’art. 7 del decreto-legge n. 109/2018 (c.d. Decreto “Genova”), ha disposto l’istituzione ex lege della ZLS “Porto e Retroporto di Genova”.