La governance dei CIS infrastrutturali prevede un Comitato di coordinamento e un Comitato di attuazione e sorveglianza. Per i CIS territoriali, a partire dal CIS Taranto, è stata delineata una governance che contempla l’istituzione di un Tavolo istituzionale, composto dalle Amministrazioni sottoscrittrici del contratto con funzioni di programmazione e sorveglianza, e, in ogni caso, la nomina di un Responsabile unico del contratto (RUC), con funzioni di impulso e di coordinamento delle attività.
Contratti Istituzionali di Sviluppo per infrastrutture ferroviarie e stradali:
- CIS Itinerario stradale Sassari - Olbia (siglato il 6 marzo 2013)
- CIS Direttrice ferroviaria Messina - Catania-Palermo (siglato il 28 febbraio 2013)
- CIS Direttrice ferroviaria Salerno - Reggio Calabria (siglato il 18 dicembre 2012)
- CIS Direttrice ferroviaria Napoli - Bari - Lecce/Taranto (siglato il 2 agosto 2012)
Contratti Istituzionali di Sviluppo per la valorizzazione di specifici territori:
- CIS Volare – Aeroporti di Calabria (siglato il 3 ottobre 2022)
- CIS Roma (siglato il 6 luglio 2022)
- CIS Brindisi - Lecce costa Adriatica (siglato il 28 giugno 2022)
- CIS Calabria "Svelare bellezza" (siglato il 21 giugno 2022)
- CIS Vesuvio - Pompei - Napoli (siglato il 17 maggio 2022)
- CIS Terra dei Fuochi (siglato il 26 gennaio 2022)
- CIS Aree Sisma - Cratere Centro Italia (siglato il 14 settembre 2021)
- CIS per la Regione Molise (siglato il 19 ottobre 2019)
- CIS Area di Foggia - Capitanata (siglato il 13 agosto 2019)
- CIS Matera - Capitale Europea della Cultura 2019 (siglato il 26 settembre 2017)
- CIS per l’area di Taranto (siglato il 30 dicembre 2015)
Contratti Istituzionali di Sviluppo nell'ambito del Piano Sviluppo e Coesione "Cultura" finanziato dal Fondo Sviluppo e Coesione e dedicati alla rigenerazione e alla valorizzazione del patrimonio culturale:
- CIS Centro storico Palermo (siglato il 2 febbraio 2021)
- CIS Centro storico Napoli (siglato il 3 dicembre 2020)
- CIS Centro storico Cosenza (siglato il 14 settembre 2020)
- CIS Ventotene (siglato il 3 ottobre 2017)