Il QCS 2000-2006 per le regioni italiane obiettivo 1 (Basilicata, Calabria, Campania, Puglia, Sardegna e Sicilia e Molise in sostegno transitorio o cd. “phasing out”) comprende 7 POR (Programmi operativi regionali) e 7 PON (Programmi operativi nazionali) con articolazione interna in Assi di intervento. In particolare: 

• PON Ricerca scientifica, sviluppo tecnologico, alta formazione
• PON Scuola per lo sviluppo
• PON Sicurezza per lo sviluppo del Mezzogiorno
• PON Sviluppo imprenditoriale locale
• PON Trasporti
• PON Pesca
• PON Assistenza tecnica e azioni di sistema

Per le Regioni dell’Obiettivo 2 (regioni del Centro Nord) lo strumento di riferimento è denominato DOCUP, Documento unico di programmazione ed è articolato in Assi di intervento.

La programmazione operativa per i Programmi dei diversi Obiettivi territoriali, con dettaglio per le singole Misure in cui si articolano gli Assi, è invece definita in un documento denominato Complemento di programmazione.